平成16（2004）年の国立大学の法人化により、これまで国立学校設置法に基づいて設置されていた「京都大学」は、「国立大学法人京都大学」が設置する「京都大学」となりました。法学研究科は、同年に抜本的な組織再編を行い、法政理論専攻・国際公共政策専攻及び法曹養成専攻の三専攻体制となりました。従来、研究者養成を担ってきた4つの専攻（基礎法学、公法、民刑事法、政治学）は、法政理論専攻（修士課程入学定員15人、博士後期課程入学定員30人）に改編されました。その後、平成28（2016）年には修士課程に新たに先端法務コース（入学定員6名）が新設され、これに伴い従来の修士課程15名の定員分を研究者養成コースとし、博士後期課程の入学定員も24名に改められました。法政理論専攻は12の大講座により構成されますが、修士課程研究者養成コース及び博士後期課程では、広い視野に立って深い学識を修め、法学・政治学の分野における優れた研究能力と教育者としての資質を涵養すること、修士課程先端法務コースでは、企業法務を中心とする先端的な法的問題に対応できる高度な調査能力と分析・判断能力を備えた専門家として活躍することができる人材を養成することを主な目的としています。

国際公共政策専攻は、それまで教育プログラムとして運営されていた専修コースの趣旨をより明確にするため、組織を改編して設置されたものですが（入学定員30人）、平成18（2006）年には、これを発展的に解消し、経済学研究科と協力して、専門職学位課程である「公共政策大学院」が設けられました。

法曹養成専攻は、1学年160人（平成16（2004）年の創設から平成21（2009）年までは200人）の専門職大学院設置基準に基づく法科大学院（専門職学位課程）です。法科大学院制度は、日本社会の高度化・複雑化・国際化等に対応するための司法制度改革の中心に位置し、大学における法学教育、司法試験、司法修習を有機的に連携させる「プロセスとしての法曹養成」という新しい考え方を中核とするものです。

法曹養成専攻の設置との関連において、法政実務交流センターに法科大学院準備部門を設置し、法実務及び行政実務の経験者を任期付のいわゆる実務家教員として任用する制度が設けられました。

このような改革との関連において、法学部教育も変容を受けることとなりました。法学部の学生定員は、平成12（2000）年から1学年360人となっていましたが、きめ細かな学部教育に資するため、平成16（2004）年からこれを330人に縮減するとともに、大幅なカリキュラム改革が実施されました。高度な専門的・技術的分野の教育は、法曹養成専攻が中心となり、法学部においては、ゼネラリストとして社会の各界で活躍する人材を育成するため、幅広い学識・教養を修得させ、制度・社会に関する基本的知識を教授することに焦点が当てられています。

なお、平成28（2016）年から新しい教員組織を設ける「学域・学系制」が発足し、法学研究科の教員は、教員組織として「法学系」に所属しています。

近時においては、進路にかかる多様な志向に応えるために、カリキュラムの大幅な改正も行われています。平成29（2017）年度以降の入学者については、高い能力を持ち、より早く法曹として活躍したいと希望する学生が学部を3年で卒業することができる早期卒業制度を京都大学として初めて導入しました。また、令和2（2020）年度には、法学部において、京都大学法科大学院の教育課程と連携した法曹養成のための教育プログラムである「法曹基礎プログラム」が開設されました。

研究においても、各領域で果敢な挑戦が続けられていますが、さらに、科学技術の進歩と急速化するグローバル化・地球環境の変動などに伴って生じる社会システム全体のパラダイムシフトに対応するために、令和3（2021）年4月には、先端的な法政策課題について理論と実務が共同して学際的・国際的研究に取り組む法政策共同研究センターが設立されました。これは、従来の国際法政文献資料センターと法政策実務交流センターを発展的に改組したものです。